Todo en el universo es una palabra tan amplia.
Una cosa con la que QM no se ocupa es, por ejemplo, la gravedad. Hay intentos de aplicar QM en la gravedad, pero hasta ahora no han tenido éxito y, tal como está, QM no puede aplicarse aquí.
También existe un problema al aplicar QM a todo a la vez. QM es bastante problemático cuando se trata de explicar la medición. La formulación estándar de QM introduce un agente especial para tratarlo. Por lo tanto, necesita algo fuera de su sistema de QM para actuar como este agente, lo que contradice su intento de aplicar QM en todo.
Puede decir que QM debería aplicarse a todo tal como es de acuerdo con nuestra comprensión de la teoría más fundamental que tenemos, pero eso no significa que sea así. La existencia de gravedad cuántica puede parecer prometedora, pero aún no lo sabemos. Sin embargo, el problema de la medición es bastante diferente y hay menos esperanzas de que se resuelva dentro del marco de QM. Se puede esquivar siempre que retenga algún agente externo, que es la estrategia adoptada por los físicos, pero siempre que desee incluir todo, surge un problema. Creo (escuché a Lee Smolin hablar de ello en alguna parte) la investigación en cosmología cuántica enfrenta este problema.
Edit
Me gustaría explicar mejor el uso de mi palabra "agente". El problema es que en algún momento de la transición de QM a clásico, el sistema debe elegir su estado. El problema es que QM no define cuándo sucede esto, solo cómo sucede. Depende del físico saber cuándo aplicar el colapso durante el cálculo, QM en sí mismo no dicta esto. El colapso en sí es parte integral del QM, pero cuando ocurre no lo es. Este conocimiento faltante que queda en manos del físico que realiza el cálculo hace que QM no sea autónomo y, por lo tanto, no se pueda aplicar a "todo" en este sentido. La elección debe realizarse fuera de su ámbito.
Pero, por supuesto, esto se basa en la formulación estándar de QM que me enseñaron.No sigo investigaciones sobre este tema, por lo que si hay más conocimiento sobre esta problemática, estaría encantado de que me corrijan y lea más sobre esto.Sin embargo, recuerdo del libro de Sabin Hossenfelder "Lost in Math" que el problema de medición sigue siendo un gran agujero en QM.